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Table 2 Molecular characterisation of paediatric S. pneumoniae serotypes by MLST

From: Molecular epidemiology of pneumococci obtained from Gambian children aged 2–29 months with invasive pneumococcal disease during a trial of a 9-valent pneumococcal conjugate vaccine

  

Allelic profile

Serotype

ST

aroE

gdh

gki

recP

spi

xpt

ddl

Serotype 1

618

13

8

4

1

7

19

14

 

3336

13

8

4

1

7

19

161

Serotype 2

3314

2

13

4

1

6

6

6

Serotype 4

1469

8

88

103

18

46

142

161

 

3304

1

5

1

1

15

1

14

Serotype 5

289

16

12

9

1

41

33

33

 

3338

16

12

9

1

4

33

9

 

3404

16

12

9

1

176

33

33

 

3313

2

12

9

10

17

1

33

 

3339

16

12

9

1

41

33

9

Serotype 6A

912

6

57

34

28

7

1

9

 

913

6

57

83

28

7

19

9

 

1737

6

57

34

28

6

1

9

 

2157

1

8

1

5

42

60

14

 

3324

7

8

1

5

42

60

14

Serotype 6B

385

7

6

1

2

6

1

14

 

3342

60

82

4

5

42

122

28

 

3323

7

6

1

35

6

1

14

Serotype 8

3325

7

9

15

11

93

58

70

 

3406

7

9

15

11

178

58

70

Serotype 9L

1735

6

5

2

5

36

1

5

 

3305

1

8

4

15

16

3

31

 

3317

6

5

2

6

36

1

5

Serotype 9V

2179

15

17

4

4

6

1

17

 

3337

15

17

4

16

6

20

161

 

3409

15

17

4

4

179

20

17

Serotype 12F

989

12

5

89

8

6

112

14

Serotype 12B

3335

12

5

89

8

6

25

14

Serotype 14

63

2

5

36

12

17

21

14

 

3320

6

60

1

5

27

20

6

 

3312

2

5

89

12

27

21

14

 

3321

6

60

4

5

27

20

6

 

3333

10

60

4

12

15

112

6

 

3310

2

5

36

12

27

21

14

 

3318

6

9

4

5

27

20

6

 

3322

6

60

4

5

27

38

6

 

3309

2

5

36

12

17

38

14

 

3311

2

5

89

12

17

21

14

Serotype 16F

3341

23

12

4

1

6

12

74

 

3407

23

189

4

12

43

4

74

 

3408

23

189

4

12

15

241

74

 

3419

6

189

4

12

15

241

74

Serotype 18C

1233

10

11

34

16

15

1

145

Serotype 18F

2425

10

5

34

16

36

142

31

Serotype 19A

202

8

16

19

15

6

40

26

 

847

7

11

4

1

6

112

14

 

2174

7

16

8

8

6

142

14

 

3327

7

11

4

10

6

112

14

 

3326

7

11

4

1

6

112

15

 

3330

7

16

4

1

6

112

14

 

3315

5

6

1

2

6

1

5

 

3331

7

16

8

8

4

142

14

Serotype 19F

3307

2

5

4

10

6

1

14

 

3340

16

16

19

1

6

20

33

Serotype 20

1734

5

31

8

1

27

1

31

 

3316

6

5

2

5

67

49

18

Serotype 21

1746

10

13

4

16

15

1

6

Serotype 22

910

5

5

6

5

9

17

19

 

2214

5

5

4

4

11

19

18

Serotype 23F

802

10

13

53

1

72

38

31

 

1526

7

13

8

6

25

1

8

 

3343

7

13

53

1

72

38

14

 

3410

118

8

4

12

72

19

5

Serotype 29

2942

12

111

34

84

19

83

6

Serotype 33

445

2

5

29

5

42

3

18

 

3308

2

5

29

18

13

3

18

Serotype 35B

3329

7

13

4

8

6

20

18

 

3328

7

13

4

8

6

1

18

Serotype 38

310

1

43

41

18

13

49

6

 

3306

1

43

41

18

13

49

5

Serotype 45

3332

8

15

89

1

19

1

6

Serotype 46

3334

12

5

53

8

7

27

14

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BMC Infectious Diseases

ISSN: 1471-2334

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