Skip to main content

Table 4 Indeterminate pyrosequencing results: number and type of errors by gene target

From: Shedding light on the performance of a pyrosequencing assay for drug-resistant tuberculosis diagnosis

TARGET

No Read Error

Homopolymer Error

Instrument Error

Other Error

Mixed Population

New Mutation

TOTAL

Error Rate (/1128 reactions)

IS6110

112 (85 %)

12 (9 %)

4 (3 %)

4 (3 %)

-

-

132

11.7 %

katG

91 (49 %)

74 (40 %)

1 (1 %)

19 (10 %)

1 (1 %)

-

186

16.5 %

inhA

121 (73 %)

9 (5 %)

3 (2 %)

29 (17 %)

2 (1 %)

2 (1 %)

166

14.7 %

ahpC

182 (87 %)

13 (6 %)

6 (3 %)

9 (4 %)

-

-

210

18.6 %

rpoB1

221 (61 %)

76 (21 %)

15 (4 %)

45 (12 %)

1 (0 %)

3 (1 %)

361

32.0 %

rpoB2

269 (78 %)

40 (12 %)

7 (2 %)

28 (8 %)

-

1 (0 %)

345

30.6 %

gyrA

294 (91 %)

2 (1 %)

6 (2 %)

18 (6 %)

1 (0 %)

1 (0 %)

322

28.5 %

rrs

149 (66 %)

30 (13 %)

-

48 (21 %)

-

-

227

20.1 %